1954年,尼日利亚首先证实了3例人类寨卡病毒感染病例。但这种病毒以前很少感染人类,从病毒被发现至2007年以前,被证实的人类感染病例仅14例。
2007年4-7月,位于西太平洋密克罗尼西亚的雅浦(Yap)岛上185例患者出现发热、头痛、皮疹、结膜炎和关节痛的症状,其中49例以实验室证实为寨卡病毒感染的确诊病例,59例被诊断为寨卡病毒感染疑似病例,成为有史以来最大的一次寨卡病毒人类感染爆发事件,但没有导致住院或死亡的严重患者。
2007年以后,泰国、柬埔寨、印度尼西亚和几个国家在太平洋常有一些散发病例,但没有大流行的疫情。
2014年以来,寨卡病毒再次受到人们关注。2013年-2014年,法属波利尼西亚发生寨卡病毒爆发流行,估计当地11%的居民被感染。从此,寨卡病毒开始在非洲和亚洲以外的多国流行,造成多起人类感染流行的疫情。
最近的疫情主要发生在南美洲,巴西、哥伦比亚等国都发生了疫情,2015年11月11日,世界卫生组织又通报了苏里南共和国证实的4例寨卡病毒感染病例。